Sejarah Balai Besar Penerapan Modernisasi Pertanian (BRMP) Papua berawal pada tahun 1994 melalui SK Mentan No. 789/Kpts/OT.210/12/1994 yang membentuk Loka Pengkajian Teknologi Pertanian (LPTP) Koya Barat. Melalui SK Mentan No. 350/Kpts/OT.210/2001, LPTP Koya Barat bertransformasi menjadi Balai Pengkajian Teknologi Pertanian (BPTP) Papua sebagai unit pelaksana teknis (UPT) yang lebih besar di bawah Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian.

Tahun 2023 terjadi perubahan signifikan. Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 13 Tahun 2023 tanggal 17 Januari 2023 mengenai Struktur Organisasi dan Tata Kerja Lingkup Badan Standardisasi Instrumen Pertanian, Balai Pengkajian Teknologi Pertanian (BPTP) bertransformasi menjadi Balai Penerapan Standar Instrumen Pertanian (BPSIP) yang mempunyai tugas melaksanakan penerapan dan diseminasi standar instrumen pertanian spesifik lokasi. 

Balai Penerapan Modernisasi Pertanian (BRMP) Papua merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Badan Perakitan dan Modernisasi Pertanian di Provinsi Papua. Pembentukan BRMP berdasarkan amanat Peraturan Presiden Nomor 192 Tahun 2024 tentang Kementerian Pertanian, serta Peraturan Menteri Pertanian Nomor 02 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Pertanian dan Permentan Nomor 10 Tahun 2025 mengenai Struktur Organisasi dan Tata Kerja UPT lingkup BRMP. Kemudian selanjutnya berdasarkan Permentan Nomor 39 tahun 2025 Balai Penerapan Modernisasi Pertanian Papua bertransformasi menjadi Balai Besar Penerapan Modernisasi Pertanian Papua.

Dengan berlakunya regulasi tersebut, BRMP Papua memiliki mandat baru dalam melaksanakan koordinasi dan pelaksanaan penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian. Dalam melaksanakan tugas tersebut, BRMP Papua menyelenggarakan fungsi:

• Penyusunan rencana program dan anggaran di  bidang penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian;
• Pelaksanaan koordinasi di bidang penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian;
• Pelaksanaan identifikasi dan verifikasi kebutuhan teknologi, perekayasaan, pengujian, diseminasi, penerapan paket teknologi spesifik lokasi, dan model pertanian modern;
• Pelaksanaan pengujian, diseminasi, pengembangan  dan penerapan paket teknologi spesifik lokasi, serta model pertanian modern;
• Pelaksanaan produksi benih/bibit sumber, sertifikasi benih/bibit, dan penilaian kesesuaian sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan;
• Pelaksanaan fasilitasi dan pendampingan program pembangunan pertanian;
• Pelaksanaan bimbingan teknis di bidang penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian;
• Pelaksanaan pendayagunaan dan kerja sama di bidang penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian;
• Pelaksanaan pemantauan, evaluasi dan pelaporan di bidang penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian; dan
• Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga Balai Besar Penerapan Modernisasi Pertanian.

Balai Besar Penerapan Modernisasi Pertaanian Papua menjadi Satker induk bagi Balai Penerapan Modernisasi Pertanian Papua Selatan, Loka Penerapan Modernisasi Pertanian Papua Tengah, dan Loka Penerapan Modernisasi Pertanian Papua Pegunungan. Layanan BRMP Papua terdiri dari delapan layanan: 1) Layanan Unit Pengelolaan Benih Sumber (UPBS) Tanaman Pangan, 2) Laboratorium Pasca Panen, 3) Kunjungan Kebun Agromodern, 4) Kerja Sama, 5) Konsultasi dan Rekomendasi Informasi Pertanian, 6) Bimbingan Teknis/Pelatihan/Magang/Praktek Kerja Lapang, 7) Perpustakaan, dan 8) Pengaduan.